一、区位环境
早在清时，庙湾（今阜宁县）北沙龚姓迁此，村名小龚庄。清雍正年间，沿淮河边形成集市，称顺河集。后以集主龚姓改称龚家集，亦名龚集。1959 年1 月，由六套康庄人民公社、张集卫星人民公社析出，因人民公社机关设在响坎河边的龚集街，响坎河具有航运功能，当地人称为运河，故名运河上游人民公社。镇以驻地名。位于北纬34°4′40″~34°6′16″，东经119°43′36″~119°45′48″，地处县城东南部、中山河北岸，与黄圩镇、小尖镇、双港镇接壤。镇人民政府驻龚集居，邮政编码224621，距县人民政府驻地20 千米。政区地势平坦，中南部略高，北部略低，地面高程一般5.50 米左右。辖区东西最大距离10.22 千米，南北最大距离16.16 千米，总面积7150.21 公顷，其中耕地4607.46 公顷。境内主要河流中山河、响坎河、通榆河、大通干渠、六套干渠和四套河等，河流总长76.34 千米。G204、沈海高速公路、S308 路在政区交汇。
二、建置区划
民国二十九年（1940 年）10 月，分属涟水县第五区、阜宁县第十一区。民国三十一年（1942 年）5 月，分属滨海县第一区、第二区。民国三十二年（1943 年）5 月，属滨海县第二区。民国三十四年（1945 年）3 月，属滨海县六套区。1949 年11 月，滨海、阜东两县合并成立滨海县，分属张集区、六套区、老舍区。1958 年10 月，属滨海县六套康庄人民公社、张集卫星人民公社。1959 年1 月，属滨海县运河上游人民公社；同年3 月，更名运河人民公社。1966 年4 月，属网络赌博平台。1983 年，改置运河乡。2002 年4 月，撤销运河乡，设立运河镇。2010 年10 月，六套乡与运河镇合并，组建新运河镇。